元好问出身于一个世代书香的官宦人家。他的祖先原为北魏皇室鲜卑族拓跋氏。
相传，他的祖先是北魏太武帝拓跋焘的儿子（一说为秦王拓跋翰，另一说为南安王拓跋余）。后来，后来的祖先又随北魏孝文帝由平城（今大同市）南迁洛阳，并在孝文帝的汉化改革中改姓元。北魏分裂之后，户籍落至汝州（今河南省临汝县）。五代时期以后，又由河南移家平定州（今山西省平定县）。他的高祖元谊，在北宋晚期徽宗宣和年间（1119－1125年）官忻州神武（虎）军使。曾祖元春（一作椿）任北宋隰州（治今山西省隰县）团练使，又从平定移家忻州，遂为忻州人。祖父元滋善，在金朝海陵王正隆二年（1157年）任柔服（今内蒙古土默特右旗托克托附近）丞。父亲元德明多次科举不中，以教授乡学为业，平时诗酒自娱，著有《东岩集》。
元好问出生后七个月，即过继给他的任县令的二叔父元格（后元好问称他为陇城府君）。
元好问生活的时代，正是金元兴替之际，金朝由盛而衰被蒙古灭亡，蒙古本是金的臣属，崛起后征伐四方而灭掉金国。在这样的大战乱大动荡的社会环境里，元好问也经历着国破家亡，流离逃难的痛苦煎熬。
大致来说，他的一生可以分成这样几个大的阶段：
21岁前，他过的是学生和公子哥儿的优裕生活。这20来年，随着他的过继父元格，转徙于山东、河北、山西、甘肃的县令任上，一方面得到了良好的教育，很早显露出文学才华，8岁即因作诗而获得“神童”的美誉。虽然初次参加科举未能魁名高中，但因多遇名人指教，学问大为长进，打下了做诗为文的深厚根基。太原王中立（字汤臣）、翰林学土路铎（字宣叔）、名儒郝天挺（字晋卿）等都对元好问有过指教师授的功劳。另一方面，丰厚的物质生活和科场失意的打击，使元好问养成了嗜酒的不良癖好。
22岁至35岁，是元好问科场多次挫折和遭受战祸、家破人亡，由山西逃难河南并在豫西逐渐定居时期。其间，他备尝了人生的痛苦艰辛。不过，通过应试汴梁，他得以与朝中名人权要如赵秉文、杨云翼、雷渊、李晏等交接结好，不仅在学问上受到高明的指点，诗文大为进步，而且为以后的仕途进退也打下了重要基础。
自35岁中博学宏词科入选翰林院，到金哀宗完颜守绪天兴二年（1233年）汴京城破被蒙古兵俘虏，是他宦海浮沉和仕途最终结束时期。这一时期，他因不满史馆的冷官生活，很快辞官回豫西登封家中闲居。后被荐举出任镇平、内乡、南阳县令，再调金中央政府任尚书省令史，移家汴京，经历蒙古围城、崔立叛降、汴京城破、被俘囚押的饥饿忧愁、流血流泪、生离死别等恶梦般的生活。
自天兴二年（1233年）四月被蒙古兵俘虏，押赴聊城羁管软禁，到元太宗窝阔台十年（1238年）八月49岁结束羁系生活，他作为囚徒，与家人辗转于山东聊城、冠氏之间，并逐渐与蒙古国的汉军首领严实、赵天锡等接上关系，生活逐渐好转和自由。这期间，他痛心金国的沦亡，奸贼的误国，并为了以诗存史，勤奋编辑金国已故君臣诗词总集《中州集》。以“中州”名集，则寓有缅怀故国和以金为正统的深意。从窝阔台十一年（1239年）秋他50岁时返回故乡忻州，到元宪宗蒙哥七年（1257年）九月初四他68岁时在获鹿寓舍逝世，是他的遗民不仕和为金史编纂四处奔忙搜求有关资料时期。这期间，他的交游范围更广、作诗为文更多，对蒙古国的态度也逐渐转变。