徽派朴学
阮元作为徽派朴学发展后期的重镇巨掣，其治学师承戴震，守以古训发明义理之旨。乾隆五十一年（1786），阮元举乡试入都，时年二十三，得与邵晋涵、王念孙、任大椿相交（见《揅经室二集》卷七《南江始氏遗书．序》）。其时戴氏亡故已十年，而王念孙、任大椿皆戴震之门人弟子，邵则为戴氏论学的“同志密友”，他们对于阮元的影响极大，阮元之训诂学，得之王念孙较多，从此奠定他为学的基础，终于成为徽派朴学极有潜力的后劲之旅，其后徽派朴学盛行江浙、名噪扬州、蜚声鲁豫、远播西南，得阮元之力尤多。
阮元论学之旨，主张实事求是，“余之说经，推明古经，实事求是而已，非敢立异也。”（《揅经室集．自序》）。一方面，以文字训诂、考证辨伪探求经书义理、恢复经典原貌的做法即为“实”的方法。另一方面，阮元的“实”又具有“实学”、“实行”、“实践”、“务实”等带有时代特点的新的含义。阮元将格物与实践统一起来，开始关注“家国天下之事”，真切反映出徽派朴学后期发展方向的转变。《清儒学案．仪征学案》评价阮元：“推阐古圣贤训世之意，务在切于日用，使人人可以身体力行。”阮元研究范围自经史小学以及金石诗文，巨细无所不包，尤其提倡以勘明大意为理念。其学术思想主要体现在讲求“因古训以求义理”，认为：“圣贤之言，不但深远者非训诂不明，即浅近者亦非训诂不明。”（《揅经室一集》卷二《论语一贯说》）或言：“古今义理之学，必自训诂始。”（《揅经室续集》卷一《冯柳东三家证异文疏证．序》）并有鉴于宋、明理学家们争论“仁”字的含义，运用归纳的方法，把孔子、孟子所有论述“仁”字的文句集中起来，加以排比，写成《论语论仁论》及《孟子论仁论》，用孔孟论述“仁”字的原意去纠正后世对“仁”字的曲解，从而避免了离开实事而空谈心性的误区。同时这体现了所谓的“以古训明义理”。在文字训诂方面，阮元遵循高邮王氏之法，大都由声音贯通文字，从而总结出它的通例。阮元曾经提出探语源、求本字、明通假、辨谊诂四种方法，张舜徽先生在评论《揅经室集》时赞扬道：“元尝自言余之学多在训诂，良不诬也。”（张舜徽《清人文集别录》卷十一）
阮元的治学特点是由训诂入手，长于比对归纳。和他之前的徽派朴学前辈一样，阮元认为考据、义理、辞章三者是密不可分、兼顾并重的，不重考据，将无从窥探学问的门径，无法升堂入室，但光重名物考据，不探求义理，仍然不能步入学问的殿堂。他在《揅经室一集》卷二《拟国史儒林传．序》称：“圣人之道貌岸然，譬若宫墙，文字训诂，其门径也。门径苟误，跬足皆歧，安能升堂入室乎……或者但求名物，不论圣道，又若终年寝馈于门庑之间，无复知有堂室矣。” 可见，阮元虽主张由训诂求义理，但同时意识到汉学埋头故纸，限于猥琐的流弊，坚决反对“但求名物，不论圣道”的纯粹训诂之学，意在超越局部的研究而作融会贯通的工作，这也是阮元在学术见解上体现出与戴震之学的差异。阮元从事文字训诂，着眼于源流和发展演变，着眼于字群音义上的相互联系，不是进行一词一义、一事一物的孤立的研究考证，而是以联系的、发展的眼光来观察研究事物。研究礼制典章，不纠缠于事物名称的孤立考证，而是着眼于古代礼制的大体，不脱离历史发展的背景和阶段性，充分体现出他联系、变化、会通的史学观，诚如皮锡瑞所言：“今得阮元之通识，可以破前儒之幽冥矣！”（《经学通论．三礼．论明堂辟雍封禅当以阮元之言为定论》）
在考据方面
阮元的业绩主要体现在文字、主源、金石碑刻和对于典章制度的考试等诸多领域，比如在考证文字本义和造字之始时，阮元与戴震提出的“读书首在识字”的指导思想一脉相承，考证字的语源、本义、通假、训诂并有所发挥。又如在对于古代的典章制度的研究中，阮元经过细密考证，写出《明堂论》、《封泰山论》等文，认为所谓“明堂”、“辟雍”只不过是上古没有宫室时的一种简陋的结构，很象后世游牧地区的帐篷，上圆下方，四周环水，每逢大事如祭祀、行军礼、学礼，或者发布政命，都在这里举行。阮元还说，“封”是统治者在南郊祭天，“禅”是统治者在北郊祭地。阮元这种解释，都是他经过周密考证的结果，为时所称。
在义理方面
阮元一贯主张“若义理从古训中来，则孔子所得之义理，必自孔子以前之古训中来”，正如在《诗书古训》一文他说：“万世之学，以孔、孟为宗；孔孟之学，以《诗》、《书》为宗。学不宗孔、孟，必入于异端。孔、孟之学所以不杂者，守商、周以来《诗》、《书》古训以为据也。《诗》三百篇，《尚书》数十篇，孔、孟以此为学，以此为教，故一言一行，皆深表不疑。”此外，《论语论仁论》、《孟子论仁论》、《性命古训》等都是阮元所作关于阐发义理的著述。
在辞章方面
阮元与当时的与桐城派“古文”异趣迥然，其论文重文笔之辨，以用韵对偶者为文、无韵散行者为笔，提倡骈偶。阮元虽以经学知名，所作辞章，亦不乏可读之篇。所著《揅经室集》共六集五十八卷，前四集为阮元生前手定者，隐然以经、史、子、集为次。说经之文，多在一集，自四集以下，始以诗文合编。
阮元不仅是自徽派朴学阵营中走出来的清代思想学术史上的一位里程碑式的人物，而且他对徽派朴学最大的贡献，一是汇集编印大量书籍文献，一是培养造就大批有用人才。纵观阮元在横跨三朝的半个多世纪里，造就了数以百计的人才，其中不少后来成为徽派朴学的精英，使得徽派朴学得以广泛传播并发扬光大。这些人才的来源，除了慕名前来投师或在社会交往中发现的以外，科场选拔和书院培养应是两个主要的途径。不仅有在科场选拔如王引之、郝懿行、丁晏等人，阮元为官浙江巡抚时在杭州创建了诂经精舍，延请当时的著名学者如王昶、孙星衍等来主讲，又邀金鹗、洪颐煊、震煊兄弟讲肄其中，教学内容为经史疑义及小学、天文、地理、算法等。在诂经精舍肄业的，多为学行出众的高材生，德清徐养原、嘉兴李遇孙，虽都学有专长，也还来此修习。当时阮元编辑《经籍籑诂》尚未完成，同时又在校刊《十三经注疏》，这些亦徒亦友的绩学之士，转而又成为阮元编书的得力助手。如徐养原曾帮助他校勘《十三经注疏》中的《尚书》和《仪礼》，洪震煊既担任《经籍籑诂》中的《方言》部分，又担任《十三经注疏》中的《小戴礼记》校勘。教学相长，实践锻炼，造就了一大批有用的人才，其中不少人后来都成为“徽派朴学”的知名学者。阮元任两广总督时，在广州创建学海堂书院，并亲自讲学。有学长八人，分别担任教学任务，学习《十三经》、《史记》、《汉书》、《文选》、《杜甫诗》、《韩昌黎集》等，任学生选择一门，作日记，由学长评阅指点。广东番禺人侯康，就因所为文，得到赏识，由是知名。番禺人林伯桐和陈澧，都担任过学海堂学长，陈澧任职时间尤长。广东嘉应人李黼平也曾补聘来学海堂批阅课艺，阮元还延请他为之教子读书。著名的《皇清经解》也是在这时编刻的，所以又称作《学海堂经解》。徽派朴学之所以能远被西南，除了程恩泽、郑珍传播的影响以外，学海堂书院培养造就的大批人才，影响更加深远。诸如上述所提林伯桐、陈澧、李黼平、侯康等学有所成者，不胜枚举。
阮元自弱冠一举成名，在长达六十多年的治学生涯中（其中还有大部分时间治理政务），著作极为丰富，说他是“著作等身”，当之无愧。在阮元60岁时，龚自珍撰文对其在大半生所取得的学术成就进行了比较全面的总结，盛赞阮元的训诂之学、校勘之学、目录之学、典章制度之学、史学、金石之学、术数之学、文章之学、性道之学、掌故之学等，称其“凡若此者，固已汇汉宋之全，拓天人之韬，泯华实之辨，总才学之归。”（《阮尚书年谱第一序》）阮元在诸多领域都取得了瞩目成就，尤其在文献学和史学方面，并且一生致力于文献的整理、汇辑、编撰、刊刻，成绩斐然。其生平所著之书，根据一些常见书目统计，约在三十种以上，其中人们比较熟知的有如下十多种：《三家诗补遗》、《考工记车制图解》、《诗书古训》、《仪礼石经校勘记》、《儒林传稿》、 《畴人传》、 《积古斋钟鼎彝器疑识》、 《定香亭笔谈》、《小沧浪笔谈》、《选项印宛委别藏提要》、《揅经室集》、《十三经注疏校勘记》。所编之书有《经籍籑诂》、《皇清经解》、《两浙金石志》、《诂经精舍文集》、《淮海英灵集》、《八甎吟馆刻烛集》等。此外，阮元还主编过一些大型的志书，如《嘉庆嘉兴府志》八十卷、《广东通志》三百三十四卷。在阮元刻印之书中，最为人们熟知的，除上述《皇清经解》、《经籍籑诂》以外，当推《十三经注疏》。这是一部大型的经学丛书，收书一百八十余种、一千四百余卷。刻印时，罗致了一些绩学之士担任校勘，由阮元总其成。这些校勘成果，就是著名的《十三经注疏校勘记》。阮元所刻印之书还有一个重点，是其搜集刻印了一些知名学者的遗著。据粗略统计，他所刻名家选集就有钱大昕、钱塘、汪中、刘台拱、孔广森、张惠言、焦循、凌廷堪等大家。可见阮元究心表彰绝学，不遗余力。
也有学者认为，阮元是清代后期形成的扬州学派的主要代表人物之一，并将扬州学派定义为清代汉学的又一分支，是汉学发展至高峰并开始走向衰落时期的一个学派，它的形成稍晚于皖派。可以说，无论现今依照怎样的标准来界定当时的学派，都不能否定阮元学术思想中闪烁的徽派朴学的理念标志，都无法抹杀阮元留在徽派朴学百年辉煌史上深深的烙印。更高意义上讲，阮元学术思想体系的意义不仅成为清代汉学由高峰走向衰落的标志，同时也成为传统学术向近代学术跨越的转折点。
