绝意仕进
朱之瑜生于大明万历二十八年十月十二日（即公元1600年11月17日），卒于明郑永历三十六年（清康熙二十一年）四月十七日未时（即公元1682年5月23日），出身官僚士大夫家庭。曾祖名诏，号守愚。祖父名孔孟，号惠翁，一生曾三让皇恩不受。父亲朱正，字存之，号定寰，皇明诏赠光禄大夫，上柱国，并授总督漕运军门，但未任。母亲金氏，生三子：长兄启明，一名之琦；次兄重林，一名之瑾；之瑜排行第三。朱之瑜八岁丧父后，家道中落，生活清贫，甚至影响其读书为学。长兄朱启明，天启五年（1625年）中武进士，后升任至南京神武营总兵，总督漕运军门。朱之瑜就随任长兄寄籍于松江府，为松江府儒学生，拜松江府学者吏部左侍郎朱永佑、东阁大学士兼吏户工三部尚书张肯堂和武进学者礼部尚书吴钟峦等为师，研究古学，尤擅长《诗》、《书》。
崇祯十一年（1638年）以“文武全才第一”荐于礼部，而朱之瑜见“世道日坏、国是日非”、“官为钱得，政以贿成”，朝政紊乱，自己不能为流俗所容，就放弃仕途，专注于学问。他曾对妻子说：“我若第一进士，作一县令，初年必逮系；次年三年，百姓诵德，上官称誉，必得科道。由此建言，必获大罪，身家不保。自揣浅衷激烈，不能隐忍含弘，故绝志于上进耳。”朱舜水不求功名利禄，而热衷於关心社会民生，并经常对人讲：“世俗之人以加官进禄为悦，贤人君子以得行其言为悦。言行，道自行也。盖世俗之情，智周一身及其子孙。官高则身荣，禄厚则为子孙数世之利，其愿如是止矣。大人君子包天下以为量。在天下则忧天下，在一邦则忧一邦，惟恐民生之不遂。至於一身之荣瘁，禄食之厚薄，则漠不关心，故惟以得行其道为悦。”
崇祯十七年（1644年），朱舜水四十五岁时，李自成攻陷北京，崇祯皇帝缢（yi）死煤山（今景山）。不久，福王朱由崧即位於南京，改元弘光。这时江南总兵方国安推荐朱之瑜，并奉了皇帝的诏命特别征召他，他不就任。弘光元年（顺治二年，1645年）正月，皇帝又下令征召他，他仍不就任。四月，在荆国公方国安再次推荐下，朝廷任命他作江西提刑按察司副使兼兵部职方清吏司郎中，监方国安军，他还是不就任。一年内三次拒绝征召，遂遭奸臣嫉恨，次年以“不受朝命，无人臣礼”罪追缉。朱之瑜星夜逃到舟山，以行商为掩护。
反清复明
弘光元年（顺治二年，1645年）五月，清兵攻陷南京，弘光帝出走，方国安、阮大铖投降清军。弘光帝败亡後，明室产生了两个领导力量，即明绍宗隆武帝（唐王朱聿键）政权和鲁王监国（朱以海）政权。不久，清兵攻取福建，杀了隆武帝。此时，鲁王率领部下进占南澳岛，然后攻取了舟山群岛。这时候，朱之瑜首次赴日本筹饷，想借日本援兵资助舟山守将、兵部左侍郎王栩，以恢复中原。由于日本实行海禁，不许外人停留，只得返回舟山。永历四年（顺治七年，1650年），朱之瑜再次飘浮东海去日本，不料被清兵发现。清寇白刃合围，逼他髡发投降，但他谈笑自若、誓死不降，刘文高等人被他的义烈所感动，偷偷驾舟将他送回舟山。次年，朱之瑜又去日本，后由日本到安南。当他正要起程返回舟山时，舟山和四明山寨都被清兵攻陷。鲁王走避厦门，之瑜的最好师友王翊、朱永佑、吴钟峦等人，先后为国殉节，尤以王翊死事最惨。之瑜在海外闻知后痛言“中秋为知友王侍郎完节日，惨逾柴市，烈倍文山。仆至其时，备怀伤感，终身遂废此令节。”
由于国事日益危急，鲁王在永历八年（顺治十一年，1654年）降诏徵召五十五岁的朱之瑜。但因其东西飘泊，住处不定，玺书辗转两年后才到他手中。鲁王在书中责备他“托谕占城，去而不返，背君苟免，史氏讥之。”希望他尽快回国效力。朱舜水手捧诏书，唏嘘慷慨，想立即转赴思明（今厦门）返回舟山，但苦无交通工具，困于安南。他只得先回复鲁王一封信，陈述他历年海外经营，筹资觅饷的苦心。他在丁酉《谢恩奏疏》中说：“去年委曲求济，方附一舟。意谓秋末冬初，便可瞻拜彤墀，伏陈衷曲。臣数年海外经营，谓可得当以报朝廷，当与藩臣悉心商榷，不意奸人为梗，其船出至海口，半月而不果行。复收安南，愤结欲绝。”“今谋之十年，方喜得当，意欲恢弘祖业，以酬君父，以佐劳臣。”
急于早日回国尽忠报效的朱舜水，终于在永历十一年（顺治十四年，1657年）正月，等来了日本船，准备乘舟渡海归国。但不料在二月遭安南供役之难，被羁五十馀日。安南国王知道他是一位中国学者，便留住他，拜他官爵，迫他行臣子跪拜礼，朱之瑜直立不肯跪。差官举杖画一“拜”字于沙上，之瑜乃借其杖加一个“不”字于“拜”字之上。安南王便当着朱之瑜的面，杀了许多人威吓他，朱之瑜始终没有屈节，真正做到临危不惧。是年朱之瑜已五十八岁，为铭记这段老年之难，他逐日记有日记，并取“庶人召之役则往役”之义，名所记为《安南供役纪事》。
永历十四年（顺治十七年，1660年），受郑成功、张煌言邀，返国抗清，于是即刻动身，于十月十九日返归厦门。永历十五年（顺治十八年，1661年）夏，郑成功和张煌言会师北伐，收复瓜州，攻克镇江，朱之瑜都亲历行阵。北伐军一度进军顺利，收复四府二州二十四县，直抵南京城郊，兵威震动东南。然而由于郑成功目光短浅，盲目屯兵南京坚城之下，贻误战机，且律兵不严。至七月，北伐军在南京城外被击败。郑成功转而退驻福建沿海，后行师海上，不得已而趋兵台湾，张煌言则数年后被捕遇害。朱之瑜鉴于复明无望，又誓死不剃发，“乃次蹈海全节之志”，学鲁仲连不帝秦，再次凄沧渡日，永不回到故国了。这年冬，最后一次东渡日本，未能获准登岸，困守舟中。当时日本施行锁国政策、“三四十年不留一唐人”。日本学者安东守约经已在日定居的陈明德介绍，以手书向朱之瑜问学，执弟子礼。朱之瑜为安东守约“执礼过谦”的恭敬、“见解超卓”的学问所动，复信安东守约。信中，朱氏悲喜交集，悲则国破家亡，故国“学术之不明、师道之废坏亦已久矣”；喜则“岂孔颜之独在中华，而尧舜之不绝于异域”，表达了他有意将圣贤践履之学传于这位异国弟子的心情。正如梁启超所说，此“为先生讲学之发轫”。 安东守约等人为其在日定居奔走。最后得日本政府批准，破40年来日本幕府之国禁，让他在长崎租屋定居下来，朱之瑜就此结束了十多年的海上漂泊生活。
东瀛讲学
朱之瑜定居日本时曾反复强调自己并非想倡明儒学于异域，仅是为了蹈海全节。永历十九年（康熙四年，1665年），他在长崎正准备购地躬耕之际，日本国副将军（大将军德川家纲之叔父）、水户侯德川光国欲兴庠序之教（庠序，旧称，古代指地方学校），派儒臣小宅生顺到长崎礼聘朱氏为国师，要朱到江户（今东京）去讲学。朱之瑜竭力谦让，但是，当他听安东守约等人介绍“上公好贤嗜学，宜勿辜其意”之后，答应了德川光国的要求，表示“至若招仆，仆不论禄而论礼”。翌年（永历二十年，康熙五年，1666年）六月，朱之瑜抵江户。德川光国亲执弟子礼，竭诚尽敬。德川光国认为朱之瑜年高德重，不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼。朱之瑜就以故乡“舜水”为号，意为“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故国故土之情。“舜水先生”之称始于此时。德川光国欲为建新居，以“耻逆虏之末灭，痛祭祀之有阙，若丰屋而安居，非我志”四次力辞。在德川光国影响下，日本学者、达贵也纷纷诣门求教，或执弟子礼，或听其讲学。从此，朱之瑜往来于江户、水户两地，公开讲学。他曾去信远在柳川的安东守约介绍讲学的盛况。
永历二十四年（康熙九年，1670年），日本初造学宫，朱之瑜绘画图纸，度量尺寸，亲临施工现场指导，事后撰《学宫图说》。又造古祭器簋、笾、豆、登等，率学生习释奠礼，改定仪注，详明礼节。永历二十六年（康熙十一年，1672年），德川光国设置彰考馆，由之瑜门生安积觉任主编，聘请之瑜指导，编纂鼓吹“尊王一统”之说的《大日本史》，其影响直至二百年后的“明治维新”。德川光国对朱之瑜敬爱有加，就任藩主之际朱舜水也随同前往江户，朱之瑜与同为德川光国编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺、山鹿素行结为好友，并对水户学的思想产生很大影响。
归葬异国
永历三十五年（康熙二十年，1681年）朱之瑜因水土不服而致病，全身遍生疥疮，卧床不起。明年（永历三十六年，康熙二十一年，1682年）四月，即顾炎武辞世三月后，朱之瑜在日本大阪逝世，享年83岁，葬在历代水户藩主的墓地瑞龙山（茨城县常陆太田市），为了纪念他不忘故国，墓特地建为明朝式样，碑文题“明徵君子朱子墓”，私谥“文恭先生”。德川光国率诸朝士临其葬。朱舜水死前遗言：“予不得再履汉土，一睹恢复事业。予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目。见予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，则幸甚。”朱之瑜一直企望中原能有恢复的一天，为此，他滞日期间生活十分节俭，死时居然储蓄了三千馀金。这是他希翼恢复国家的经费。
其日本学者今井弘济、安觉济为他们的中国老师写下悼文：“呜呼先生，明之遗民。避难乘槎，来止秋津。寤寐忧国，老泪沾巾。衡门常杜，箪瓢乐贫。韬光晦迹，德必有邻。天下所仰，众星拱辰。既见既觐，真希世人。温然其声，俨然其身。威容堂堂，文质彬彬。学贯古今，思出风尘。道德循借，家保国珍。函丈师事，恭礼夤宾……” 在他死后周年时，安东守约在祭文中哭道：“呜呼先生，知我望我。今也既逝，学殖云堕。有疑谁问？有过谁督？有事谁计？有怀谁告？”
朱之瑜死后，德川光国派人整理了他的遗稿，清康熙五十四年（日本正德五年，1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内至今立有“朱舜水先生终焉之地”（朱舜水先生临终之地）的石碑。日本汉诗长老小野湖山在青年时代访水户谒朱舜水墓时曾作过一首《朱舜水先生墓》： 安危成败亦唯天，绝海求援岂偶然。一片丹心空白骨，两行哀泪洒黄泉。丰碑尚记明征士，优待曾逢国大贤。莫恨孤棺葬殊域，九州疆土尽腥膻。