冯时行少时读于巴县缙云山寺，得中北宋徽宗宣和六年（1124）恩科状元。以忤当道，当为云安（今重庆市云阳县）尉。南宋建炎元年至三年（1127—1129）调任奉节尉调，建炎四年至绍兴四年（1134），调任江原丞，任职期中，显露才华，深受川陕抚谕杨愿器重，极力推荐，旋擢左奉礼郎。绍兴五至六年知丹梭县。绍兴七年（1137）奉召入京任左朝奉议郎（皇帝身边咨询官）。时金兵已占汴梁（北宋都城今开封）十载。时行力主抗金，于绍兴八年晋见高宗，呈上《请分兵以镇荆襄疏》，奏金人议和不足信，请选大臣重兵镇荆，使岳飞得以专力致于江汉间。被主张和议的高宗斥之为“杯羹之语”。绍兴九年（1139），出任万州知府，镇邪锄恶，为民除害，惠农劝学，为地方积蓄了一批钱财。绍兴十一年（1141），转运判官李炯，企图以提取万州大量积钱，向朝廷献媚固宠，率500飞虎军强行提取，时行坚决反对，被提刑何麒弹劾，罢官削职，除名《大宋状元录》，辗转流离万州、开江间近两年。
绍兴十四年底由万州回到家乡乐碛，气愤之下，将原籍“乐碛”改为“落碛”（今洛碛得名缘由）。稍后，到缙云山置田地，建房办学，“坐废”十七年之久。直到秦桧死后，绍兴二十七年（1157），冯时行才又复起知蓬州（今四川蓬安县）。绍兴二十八年（1158）冬，又荐知黎州（今四川汉源）；绍兴三十一年（1161），金人背盟，冯时行被高宗再次召见，上《请易田师中用张浚、刘绮疏》，疏中说：“自古未有人主退而能使天下进，人主怯而能使天下勇，今之形势，愿陛下舍一己之好恶，勉用张浚、刘绮、李显忠等将领抗金。”并提出“宜省官吏，减州郡冗卒”。擢右朝请大夫，提点成都府刑狱，经划边事，卓有功绩。孝宗隆兴元年（1163）逝世于雅州（今雅安），时年63岁。死后被追为“古城侯”，初葬雅州古城，后移葬巴县鱼嘴沱（今江北区鱼嘴镇）。
乾道五年（1169），雅州（今四川雅安）民众曾斥钱七十万，为冯时行立祠庙。《古城冯侯庙碑》载：“大众斥七十万钱，缚屋二十五盈，中为堂，塑侯像，挟以两庑，民岁时歌舞其下，水旱厉疾，必祷侯。”冯时行故乡洛碛有“缙云故里”、“状元井”、“状元桥”等纪念建筑。