敦仁幼受家学，早岁上书劝闽王王昶入贡朝廷，其文才受到王昶赏识。王昶请他参决军机大事。敦仁鄙薄王昶杀父夺位，坚辞不就，并赋诗一首以明其志，诗题是《劝王氏入贡，宠予以官，作辞命篇》，诗曰：“争霸图王事总非，中原失统可伤悲。去来宾主如邮传，胜负干戈似局棋。周粟纵荣宁忍食，葛庐频顾漫劳思！江山有待归须早，好向鹪林择一枝。”不久，移居泉州城北泉山（又称清源山），杜门不出。
南唐灭闽（945年），留从效任清源军节度使，据有漳、泉二郡。敦仁和留从效过往甚密，留从效邀他当属官，敦仁力辞不获，于是求监南安县小溪场。敦仁上任，看到这里山川雄壮，人物夥繁，便具文申请设县，略谓：“土沃人稠，舟航可通，若益以邻界，因今之地，可以置县”。果得批准，并增割南安近地，取名清溪〔宋宣和三年（1121年）改为安溪〕，敦仁即为首任县令，时在后周显德二年（955年）。
敦仁欣赏小溪场场址（今安溪县城）“三峰玉峙，一水环回，黄龙内顾以骧腾，朱凤后翔而飞翥”的风光，便选为县治。
是年冬，敦仁利用农隙，征调城郊民众每人服役三天，和轮值休息的戍卒，共同兴建县衙，整顿市容，至次年十月竣工。施工期间，敦仁曾赋《督役筑县廨，悯劳而作》一诗。
敦仁为政，德惠居多，邑人“荷畚执筐，各安职业。”他重视文教，在《初建清溪县记》中，写有“地华人质，业儒者寡……曰教之，令固不敢不勉，而从令之教，尔邑之人，当交相劝勉，以副令之愿望。”谆谆劝导，语重心长。但他不乐当官，在任一年多，便推荐闽王审知孙王直道继任。
敦仁爱县西佛耳山清静僻远，卸任后卜筑定居，名其宅曰：“清隐”，王直道屡次请他参与政事，敦仁均予婉谢。宋太平兴国四年（979年）去世，所著有《清隐集》。敦仁生前上书劝闽王王昶入贡归宋，避免漳泉二郡战乱，有功于民。
安溪民众怀念敦仁，曾为立生祠。到宋咸淳三年（1267年），乡绅林济川等列其生平事迹，申请颁赐庙号；八年（1272年），敕赐庙号“灵惠”，并封敦仁为靖惠侯。敦仁所居之里，后人以留从效通信中，有“崇待笃信”之句，名之曰“崇信”，即现在的祥华乡多卿一带。