李慈铭虽有“漆室坐忧时事非”(《赠吕定子编修》)的感情，任官期间也曾对时政有所批评和建议，但思想比较迂阔保守，持儒家“内圣外王”（《复陈昼卿观察书》）的观念，以求索不倦的学者 李慈铭《越缦堂诗文集》
和矜尚名节的名士，终其一生。他承袭乾嘉汉学余风，治经学、史学，都有一定成就。又博览群书，时有所评。其治学读书所得，大都载入《越缦堂日记》，颇为世人所重。
李慈铭自言在创作方面“所得意者莫如诗”（《白华绛跗阁诗甲集至己集初定本自序》）。今传已刻之诗起道光二十四年(1844)至同治十三年(1874)，共850首，主要反映了贫窘的学者与困顿的名士的生活与心境，山水风物、交游唱和的“登监闲适之篇”较多，至于“感愤切挚之作”（《越缦堂诗话》），也多是抒写落拓不遇之感。直接触及时事、反帝慨时的篇什，如《庚申八月感事》、《出大沽口感事》、《庚午书事》、《京邸冬夜读书》等，为数寥寥。占有一定数量的涉及太平天国的诗篇，则表现了地主阶级的立场。
李慈铭认为“学诗之道必不能专一家限一代。凡规规摹拟者，必其才力薄弱，中无真诣”。他主张内有所蓄。同时广泛向前人学习，“汰其繁芜，取其深蕴，随物赋形，悉为我有”(《越缦堂诗话》)。他的诗大体遵循自己的主张，广采诸家之长，以写自身所遭之境，自心所生之感，创造一种“清淡平直，不炫异惊人”（陈衍《石遗室诗话》）的风格，如《自题霞川老屋图》、《舟入青浦界作》、《初夏舟出徐山村至清水闸作》等。在文章方面，李慈铭认为“文体必本韵偶”（《书凌氏廷堪校礼堂集中〈书唐文粹文后〉文后》），强调骈文之美。此外，他的词也有一些感怀身世之作。
李慈铭除经、史著述之外，刻有《越缦堂文集》12卷、《湖塘林馆骈体文》 2卷、《白华绛跗阁诗初集》10卷及《霞川花隐词》。尚有《杏花香雪斋诗二集》、《桃花圣解庵乐府》未刻。中华书局出版的《杏花香雪斋诗》10集，为吴道晋所辑。